1. Yamaguchi-gumi

Yamaguchi-gumi dibentuk pertama kali pada tahun 1915 dan kini telah menjadi keluarga yakuza terbesar. Kelompok yakuza ini mengatur 50 persen dari yakuza yang ada di Jepang dengan lebih dari 55.000 anggota yang terdiri dari 850 klan. Nama kelompok yakuza ini berasal dari nama pemimpin pertamanya, Harukichi Yamaguchi. Meski pihak berwajib sudah berusaha menekan pertumbuhan kelompok ini selama lebih dari satu dekade, Yamaguchi-gumi tetap berhasil bertahan.

Kumicho atau boss yang menjabat dari tahun 2005 hingga saat ini, Shinobu Tsukasa telah mendeklarasikan bahwa ia akan melakukan ekspansi hingga ke Tokyo yang secara tradisional bukan wilayah Yamaguchi. Keluarga yakuza ini juga memiliki kelompok hingga di luar Jepang.
Dari markasnya di Kobe, Yamaguchi-gumi melakukan aktivitas kriminalnya hingga ke seluruh Jepang. Keluarga Yamaguchi telah begitu sukses hingga nama Yamaguchi sering kali diasosiasikan dengan kejahatan terorganisir di beberapa negara di Asia hingga sering menjadi referensi film-film gangster. Yamaguchi-gumi merupakan salah satu organisasi kriminal terbesar di dunia sejauh ini.

Yamaguchi-gumi adalah salah satu dari kelompok gangster terkaya di dunia. Setiap tahunnya, kelompok ini berhasil menghasilkan milyaran dolar dari pemerasan, penjudian, industri seks, penjualan senjata dan obat-obatan terlarang, serta skema penipuan real estate dan konstruksi. Kelompok ini juga terlibat dalam manipulasi pasar saham dan internet pornografi.

Selain kesan seram dari daftar kegiatan yang mereka lakukan, Yamaguchi-gumi ternyata juga masih memiliki sisi kemanusiaan. Tepat setelah gempa bumi Kobe pada tahun 1995, Yamaguchi-gumi meluncurkan bantuan besar-besaran pada korban gempa bumi berupa bantuan makanan dan suplai kebutuhan sehari-hari. Bantuan ini sangat penting bagi warga Kobe karena saat itu bantuan dari negara tidak konsisten dan bermasalah selama beberapa hari. Yamaguchi-gumi juga memberikan bantuan dalam bencana gempa bumi dan tsunami di Tohoku pada tahun 2011.

2. Sumiyoshi-kai

Sumiyoshi-kai, atau biasa disebut sebagai Sumiyoshi-rengo adalah keluarga yakuza terbesar kedua dengan 20.000 anggota yang terbagi dalam 277 klan. Kelompok yakuza ini memiliki sejarah yang cukup kompleks dan mengalami beberapa perubahan nama sepanjang berdirinya. Sumiyoshi-kai pertama dibentuk pada tahun 1958 dengan nama Minato-kai.

Nama Minato-kai kemudian diubah menjadi Sumiyoshi-kai sebelum akhirnya dibubarkan pada tahun 1965. Tahun 1969, kelompok ini dibangun kembali sebagai perkumpulan dengan nama Sumiyoshi-rengo. Shigeo Nishiguchi mengubah namanya kembali menjadi Sumiyoshi-kai pada tahun 1991. Shigeo Nishiguchi menjadi pemimpin tertinggi atau oyabun Sumiyoshi-kai hingga saat ini.
Sumiyoshi-kai adalah konfederasi dari beberapa kelompok yakuza kecil. Secara struktural, Sumiyoshi-kai berbeda dengan rival utamanya yaitu Yamaguchi-gumi. Struktur Sumiyoshi-kai lebih mirip seperti federasi. Rantai komando kelompok ini lebih longgar. Meskipun Shigeo Nishiguchi adalah sosok yang selalu menjadi oyabun, kepemimpinanya dibagi ke beberapa orang lain. Namun selain hal ini, tidak banyak yang bisa digali dari Sumiyoshi-kai.

Pada Minggu pagi 5 Januari 2007, salah satu bos Sumiyoshi-kai, Ryoichi Sugiura tewas ditembak di mobilnya di kota Tokyo. Hanya dalam waktu satu jam, Sumiyoshi-kai membalas aksi ini dengan menembaki salah satu kantor anggota Yamaguchi-gumi. Atas kejadian ini, polisi kemudian menggerebek beberapa kantor Yamaguchi-gumi dan Sumiyoshi-kai untuk menghindari peperangan antar geng yakuza terbesar ini.

3. Inagawa-kai

Inagawa-kai adalah kelompok yakuza ketiga terbesar di Jepang dengan anggota sebanyak kurang lebih 15.000 orang dan terbagi dalam 313 klan. Keluarga yakuza ini berlokasi di area Tokyo dan Yokohama dan merupakan salah satu keluarga yakuza yang melebarkan operasinya hingga ke luar Jepang dengan oyabun yang menjabat saat ini adalah Kiyota Jiro.

Inagawa-kai pertama kali dibentuk di Atami, Shizuoka pada tahun 1949 oleh Kakuji Inagawa. Beberapa anggotanya adalah bakuto penjudi tradisional. Perjudian ilegal sejak lama telah menjadi pendapatan utama keluarga yakuza ini. Selain itu, operasinya juga diperluas ke bidang lain seperti penjualan obat-obatan terlarang, pemerasan dan prostitusi.
Dalam bencana alam gempa bumi dan tsunami di Tohoku pada tahun 2011, Inagawa-kai juga mengirimkan bantuan ke daerah bencana. Secara keseluruhan, kelompok ini telah mengirimkan 100 ton suplai termasuk makanan, diaper, baterai, senter, teh dan air minum serta beberapa barang lain.